Ma'ahad Al-Munir diasaskan oleh Ustaz Haji Mohamed Sukri bin Omar . Ia bermula sebagai sebuah asrama penempatan pelajar Malaysia ditubuhkan pada tahun 2008 di Sana'a, Republik Yaman. Didirikan dengan harapan untuk menjadi sebuah institusi pendidikan Islam yang mencetak generasi Al-Quran serta mampu memacu ummah kearah kegemilangan Islam. Ma'ahad Al-Munir berada di Sana'a, Republik Yaman dari tahun 2008-2012. Sekitar tahun 2011-2012 berlaku perang saudara hasil kebangkitan rakyat Yaman yang bermula dari kebangkitan negara arab yang dikenali sebagai Kebangkitan Dunia Arab. Pada tahun 2012 Ma'ahad Al-Munir menutup operasinya di Yaman, dan membuka kembali operasinya di Kuala Lumpur pada tahun 2015 sehingga kini.
Fokus Ma'ahad Al-Munir memberikan pendidikan percuma pada Asnaf Fakir Miskin, Anak Ibu Tunggal dan Anak Yatim. Sebagai asas merakyatkan Pendidikan Islam untuk semua lapisan masyarakat tanpa dihalangi masalah kewangan dan lain-lain.Sewaktu tahun 2008-2012 jumlah pelajar yang berada di Ma'ahad Al-Munir adalah seramai 15 org dan dua orang tenaga pentadbiran ma'ahad. Pelajar-pelajar Al-Munir semuanya berdaftar di Universiti, pusat tahfiz dan sekolah di Yaman.Berikut maklumat tempat pengajian dan jumlah mereka :Mereka mengikuti sistem pengajian di Universiti, tahfiz dan sekolah pada waktu pagi, kemudian setelah pulang daripada pusat pengajian, mereka diaturkan dengan program tarbiyyah dan ilmiah bagi membentuk mereka sebagai fardul muslim yang mampu menguasai ilmu, memimpin dan berakhlak mulia.Bermula tahun 2015 hingga kini Ma'ahad Al-Munir sedang meluaskan operasinya. Ma'ahad Al-Munir memberi fokus pendidikan Islam percuma pada mereka yang memerlukan dari umur 6 Tahun sehingga 17 tahun. Sehingga kini Ma'ahad Al-Munir mempunyai 2 cawangan iaitu di Taman Bukit Permai, Kuala Lumpur dan Bandar Rimbayu, Selangor. Ma'ahad Al-Munir sedang merencana membangunkan tanah wakaf di Kuala Klawang, Negeri Sembilan seluas 7 ekar. ianya akan menempatkan Masjid, Asrama, kantin, perpustakaan, makmal Sains, kelas pengajian kanak-kanak, remaja dan dewasa. Pendidikan Islam Sepanjang Hayat menjadi teras utama didalam pembangunan pendidikan di Ma'ahad Al-Munir.
Ma'ahad Al-Munir telah mengasaskan Pertubuhan Pendidikan dan Kebajikan Al-Munir Malaysia (AL-MUNIR MALAYSIA) dibawah Pendaftar Pertubuhan Malaysia dengan No Pendaftaran : PPM-008-10-27092017. Dengan itu secara rasminya seluruh rangkaian Pendidikan Al-Munir berada dibawah NGO AL-MUNIR MALAYSIA.